Tras acabar quinto en la Liga, el At.Madrid, entrenado por Villalonga, afrontó con ilusión la Copa del Generalísimo. En los 1/16 de final, el Atlético se enfrentó al Sabadell, séptimo en el Grupo I de Segunda. En la ida, el 24 de abril, los colchoneros superaron por 1-0 a los catalanes en Sabadell gracias al gol de Adelardo. En la vuelta, el 1 de mayo, el once madrileño goleó por 4-0 a los arlequinados con los tantos de Peiró (2), Collar y Polo. El At.Madrid accedía a los octavos de final donde jugaría ante el Córdoba, subcampeón del grupo II de Segunda División y que había eliminado al Zaragoza de Primera por un sorprendente 7-3. En la ida, el 8 de mayo, el Atlético sentenció la eliminatoria después de vencer por 3-1 en El Arcángel con goles de Adelardo, Collar y Peiró (penalti). El 22 de mayo, en la vuelta de octavos de final, el At.Madrid superó por 5-2 al Córdoba con tantos de Collar (2), Peiró (2) y Polo.
En los cuartos de final, el rival del At.Madrid fue el Valencia, noveno clasificado en Primera. En la ida, el 5 de junio, el equipo de Villalonga venció por 1-0 con gol de Jones (70’) en Mestalla. En la vuelta, una semana más tarde, el Atlético confirmó su pase a semifinales al golear a los ches por 4-1 gracias a los tantos de Peiró, Adelardo, Piquer (propia meta) y Collar. La única nota negativa llegó con la lesión de Calleja; el delantero Walter golpeó al lateral rojiblanco en su pierna de apoyo cuando éste trataba de despejar un balón en la línea de gol. Calleja sufrió rotura de ligamentos de su rodilla y dijo adiós al resto de temporada.
En el sorteo de semifinales, la suerte favoreció al At.Madrid pues se emparejó con el Elche, décimo en Primera y que había eliminado al San Fernando, Betis y Mallorca en la Copa; en tanto el Real Madrid se enfrentó al At.Bilbao. Los madridistas no dieron opción a los vascos y se clasificaron para la final por un global de 8-4. El Atlético de Madrid también accedió a la final por un total de 9-2 ante el Elche. El equipo de Villalonga sentenció la eliminatoria en el partido de ida celebrado el 16 de junio en el Metropolitano. En una tarde mágica, los rojiblancos golearon por 8-0 al Elche. A los quince minutos, el cuadro madrileño ya vencía por 3-0 merced a los goles de Adelardo (7’) y Jones (10’ y 14’). En el minuto 35, el central rojiblanco, Griffa fue expulsado por una agresión a Pauet (Griffa no pudo jugar la final por la sanción federativa impuesta por esta acción). El temperamental defensa argentino le dio un puñetazo y una patada a Pauet que cayó al suelo con una hemorragia nasal. Entonces, Ramiro pasó a la defensa y Polo se retrasó a la media Incluso, con diez jugadores, el Atlético arrasó al Elche con los tantos de Adelardo (46’ y 54’), Peiró (58’), Jones (73’) y Collar (78’). Jugaron por los rojiblancos: Madinabeytia, Rivilla, Griffa, Alvarito; Ramiro, Amador; Polo, Adelardo, Jones, Peiró y Collar. Tres días después, se disputó el encuentro de vuelta en el que el Elche se impuso por 2-1 a un Atlético que reservó jugadores para la final.
La final estaba servida: At.Madrid–R.Madrid. Por primera vez los dos eternos rivales madrileños se verían las caras en la final de la Copa. Para el Atlético significaba su cuarta final después de las derrotas en 1921 y 1956 contra el At.Bilbao y en 1926 frente al Barcelona; mientras que el Madrid llegaba a su vigésima final con un balance de nueve títulos (el último en 1947) y diez subcampeonatos (el más reciente en 1958). Los madridistas venían de alcanzar su quinta Copa de Europa consecutiva al golear por 7-3 al Eintracht de Francfort (R.F.A.). Mientras tanto el Atlético de Madrid llegaba con mucho ánimo después de completar una sobresaliente trayectoria en la Copa. El equipo de Villalonga contaba con las ausencias de Calleja, por lesión, y Griffa, por sanción; además de Vavá y Mendoza que como extranjeros no podían disputar la Copa; y en el Madrid causaron baja Marquitos, Canario y Pachín por lesión.
El 26 de junio de 1960, el At.Madrid y el R.Madrid saltaron al césped del Santiago Bernabéu que registró una notable entrada, aunque sin llegar al lleno. Villalonga, técnico rojiblanco, alineó este bloque: Madinabeytia, Rivilla, Callejo, Alvarito; Ramiro, Chuzo; Polo, Adelardo, Jones, Peiró y Collar. Miguel Muñoz, entrenador blanco, formó este once: Domínguez, Pantaleón, Santamaría, Miche; Vidal, Zárraga; Herrera, Del Sol, Di Stéfano, Puskas y Gento. El árbitro Birigay dirigió con acierto el partido. El Madrid empezó dominando el centro del campo y encerró al Atlético en su área. A los 20 minutos, Puskas sorprendió a Madinabeytia marcando directamente de saque de esquina. El conjunto rojiblanco titubeó tras este tanto, pero no se descompuso y aguantó el 1-0 hasta el descanso. La segunda mitad empezó mal para el Madrid puesto que Gento se lesionó (distensión muscular) y mermó el juego de su equipo ya que no se podían realizar cambios en aquellos tiempos. El Atlético aprovechó la inferioridad del Madrid y pasó a marcar el ritmo del choque. A los 52 minutos, Collar enganchó un sensacional disparo desde fuera del área que batió a un descolocado Domínguez. Los colchoneros querían la victoria y acosaban la puerta blanca. En el minuto 76, Jones sacó tajada de un barullo en el área madridista para lograr el 2-1 para el At.Madrid. Diez minutos más tarde, Collar pasó en profundidad a Peiró que batió a Domínguez en su salida consiguiendo el definitivo 3-1. La entidad rojiblanca conquistaba su primera Copa de España y alcanzaba un título después de nueve años de sequía (último trofeo fue la Liga 50/51).”Marca” tituló: “Como dice su himno: Atlético de Madrid es campeón” , “Venció al Madrid en una final que pasa destacada a su historia”, “Excelentemente dirigido en su juego, basado en el refuerzo defensivo y contraataque, y ejecutado con una rapidez y fondo físico decisivos, acabó desarticulando al pentacampeón”, “Ramiro, los interiores y Collar, los mejores de conjunto legítimo vencedor”.
Villalonga, manifestó: “Tenía ganas de ganar al Madrid… en su terreno. Y con un título por medio, mucho más. El Atlético ha ganado, entre otros factores porque ha puesto más alma y corazón en la pelea. Sigo con la idea de dejar de ser el entrenador. Yo poco he hecho, la victoria es de los jugadores”; el presidente, Javier Barroso, declaró: “Mi alegría está en relación con el acontecimiento: es la primera vez que el Atlético gana la Copa. Yo tenía confianza en el equipo Cuando se produjo el empate vi clara la victoria”; el capitán, Collar, exclamó: “¡Ya era hora, presidente! A usted de los brindamos porque se lo merece más que nadie. He vivido el momento de mayor alegría de mi vida futbolística, a pesar de que he tenido muchas satisfacciones”; Griffa, que vio el partido en la grada por sanción, aseguró:”Aguante los nervios, aunque me mordía las uñas”; Callejo afirmó: “Nuestro éxito fue el saber contenerles en la primera parte”; Pazos dio en el clavo: “Villalonga ha sido el artífice del triunfo. Los jugadores pasearon a hombros a Villalonga con la Copa del Generalísimo por el estadio.
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