Después de su segundo puesto liguero, el At.Madrid encaró la Copa en la que defendía su título de campeón. En la ida de los 1/16 de final, el 7 de mayo de 1961, el At.Madrid venció por 2-0 al Mestalla (Segunda División) en el Estadio del Metropolitano. Hasta el minuto 63, por medio de Jones, no marcó el conjunto madrileño que redondeó el marcador con el tanto de Ramiro siete minutos más tarde. En la vuelta, el 10 de mayo, el Atlético superó por 1-0 a los valencianos en Mestalla. El filial che derrochó mucho coraje, pero no pudo evitar la victoria colchonera gracias al tanto de Collar.
El 21 de mayo, en la ida de los 1/8 de final, el At.Madrid venció por 2-0 al Valencia (5º en la Liga) en el Metropolitano. Griffa (44’) y Jones (74’) marcaron, e incluso Collar (63’) falló un penalti. El 27 de mayo, en la vuelta en Mestalla, el Valencia igualó la eliminatoria al ganar por 2-0. Los tantos de los valencianistas Héctor Núñez y Walter provocaron el partido de desempate. Dos días más tarde, el estadio de La Romareda (Zaragoza) se llenó en tres cuartas partes. Villalonga formó este conjunto: Madinabeytia, Rivilla, Griffa, Calleja, Ramiro, Chuzo; Rodríguez, Adelardo, Jones, Peiró y Collar. El equipo madrileño acorraló a los levantinos en su campo y al descanso ya había sentenciado con los goles de Ramiro (13’ y 19’) y Jones (44’).
En los ¼ de final, el Atlético se emparejó con el equipo revelación de la competición, el Tenerife, que había eliminado al Salamanca y a los “primeras”, Elche y Zaragoza; asimismo, el conjunto insular acababa de ascender a Primera División por primera vez en su historia bajo las órdenes de Heriberto Herrera, ex jugador rojiblanco. En la ida, el 1 de junio, el At.Madrid superó por 2-0 al conjunto tinerfeño en el Metropolitano. En la segunda mitad, Adelardo (57’) y Chuzo (79’) marcaron e incluso pudieron llegar más goles, pero el guardameta visitante, Cuco, cuajó una espléndida actuación. Tres días más tarde, en la vuelta, el Atlético arrancó un empate a uno en el Estadio Heliodoro Rodríguez López. Peiró adelantó a los rojiblancos a los nueve minutos dejando la eliminatoria casi sentenciada. Griffa se lesionó al filo del descanso y jugó la segunda mitad de delantero. El Tenerife no se rindió y Borreda (77’) igualó el choque.
El 18 de junio, en la ida de semifinales, el Valladolid (recién descendido a Segunda) derrotó por 3-1 a los madrileños en el Estadio José Zorrilla. A los 10 minutos, el defensa rojiblanco, Alvarito, se lesionó mermando el potencial de su equipo. Alvarito tuvo que abandonar el terreno de juego con fuertes dolores en su rodilla. El diagnóstico fue grave: fractura de tibia. A partir de entonces, el Valladolid se hizo dueño del choque. Zaldúa adelantó a los pucelanos a los 43 minutos. En el minuto 61, Peiró igualó el choque al culminar un contraataque de Adelardo. El Atlético se confió lo que aprovechó el Valladolid para encerrar a los rojiblancos en su terreno de juego. A los 77 minutos, Barrios marcó para los locales y Zaldúa subió al marcador el definitivo 3-1 en las postrimerías del encuentro. En la vuelta, el 25 de junio, el Atlético de Madrid ganó por 3-0 al Valladolid clasificándose por segunda vez consecutiva para la final de la Copa del Generalísimo. Mendoza (35’ y 60’) y Rodríguez (50’) marcaron para los colchoneros en un estadio Metropolitano que rozó el lleno. En la otra semifinal, el Madrid batió al Betis (antes los blancos derrotaron al Hércules de Alicante, Racing de Santander y al At.Bilbao); de este modo, se repetía la final copera de la campaña anterior.
El 2 de julio de 1961, el Estadio Santiago Bernabéu se llenó para presenciar la segunda final consecutiva de la Copa del Generalísimo entre el Real Madrid y el Atlético de Madrid. En la presente campaña, el cuadro blanco había caído en los octavos de final de la Copa de Europa contra el Barcelona por primera vez en su historia y se había proclamado con claridad campeón de Liga mientras que el conjunto rojiblanco había acabado segundo en el campeonato liguero. Villalonga alineó este once: Madinabeytia, Rivilla, Griffa, Calleja; Ramiro, Callejo; Jones, Adelardo, Mendoza, Collar y Peiró. Y Miguel Muñoz formó este conjunto: Vicente, Marquitos, Santamaría, Casado; Vidal, Pachín; Mateos, Del Sol, Di Stéfano, Puskas y Gento. Villalonga preparó varios férreos marcajes sobre las figuras blancas; Rivilla marcó a Gento, Griffa a Puskas, Calleja a Del Sol, Callejo a Mateos y Ramiro a Di Stéfano. El entrenador rojiblanco pretendía ahogar a las estrellas madridistas y aprovechar la calidad y la velocidad de su delantera con Collar, Peiró, Adelardo, Mendoza y Jones.
Después de unos instantes de tanteo, el Madrid se adelantó en el marcador con el tanto de Puskas a los nueve minutos. Pero el Atlético no se vino abajo y empató doce minutos después con un sensacional tiro de Peiró que se coló por la escuadra de la portería madridista. De aquí hasta el descanso, el Atlético dominó más que un Madrid que había acusado el tanto del empate. Nada más empezar la segunda mitad, Peiró, en jugada individual, batió a Vicente en su salida. El equipo rojiblanco estaba borrando del choque a los blancos que se mostraban impotentes ante el festival de fútbol de su eterno rival. A los 69 minutos, Mendoza culminó una magnífica jugada entre Peiró y Collar. Este gol sentenció la final, aunque Di Stéfano acortó distancias en el minuto 82. El árbitro Lloris pitó el final del partido en medio de la alegría del Atlético de Madrid que se proclamó por segunda vez consecutiva campeón de la Copa del Generalísimo y, de nuevo, frente al Real Madrid de Di Stéfano y Puskas en el Bernabéu. El capitán, Enrique Collar, recogió la Copa de manos del Jefe de Estado, el Caudillo Francisco Franco, ante el alborozo de los hinchas colchoneros. A continuación, los jugadores y los técnicos rojiblancos dieron la vuelta de honor al campo a hombros de sus aficionados. El diario “Marca” tituló: “Otra vez se cantó: ¡Atlético de Madrid es campeón!”, “Ganó el partido aun más merecidamente que el año pasado por su mejor juego”, “Dos espléndidos goles de Peiró y uno de Mendoza remacharon el triunfo”.
Collar declaró: “Vamos a la Recopa por derecho propio. Hemos ganado merecidamente a un equipo extraordinario como el Madrid”. En efecto, el Atlético de Madrid participaría como campeón de Copa de España en la primera edición oficial de la Recopa de Europa. El entrenador Villalonga manifestó: “Hemos jugado más que el Madrid y, por ello, la victoria ha sido justa. La clave ha sido nuestra superior velocidad. Además, nuestro dispositivo defensivo les ha desconcertado. ¡Ojalá logremos la Copa la próxima temporada! Sería magnífico conseguirla en propiedad”; por último, el presidente, Javier Barroso, subrayó: “El mérito es mayor cuando se gana a un equipo de la talla y de la clase del Real Madrid”.
Isacio Calleja revela una clave de aquella victoria:
“Ganamos al Madrid por 3-2 en el Bernabéu. Fue un partido impresionante. Marqué a Luis Del Sol y Alberto Callejo a Mateos. No jugué de lateral izquierdo. Fue una estratagema táctica de nuestro entrenador, José Villalonga. Entonces, el Atlético de Madrid era uno de los equipos más potentes de España. Siempre disputaba todos los títulos”.
